Wegen der großen Bedeutung der gefährlichen Toxine für die Gesundheit forscht das Max Rubner-Institut intensiv an Möglichkeiten, die Belastung von Lebensmitteln mit Pilzgiften zu vermeiden. Im Mittelpunkt stehen dazu Methoden, die bereits auf Ebene der Gene eingreifen. Es konnte ein Verfahren entwickelt werden, bei dem die Aktivität der „Messenger-RNA“ festgestellt wird, die den Startschuss für die Bildung der Substanzen gibt, die für die Giftproduktion im Pilz erforderlich sind. Werden die Lagerbedingungen von Getreide, Obst und anderen Lebensmitteln verändert, sobald die Messenger-RNA aktiv wird, lässt sich die Giftproduktion verhindern. Im Labormaßstab ist die Methode bereits geprüft, nun muss sie noch für die Praxis umgesetzt werden.
Ein anderes Verfahren hemmt ganz direkt die Bildung von Mycotoxinen: Wissenschaftler des Max Rubner-Instituts haben herausgefunden, dass Licht einer bestimmten Wellenlänge einen starken Einfluss auf das Wachstum von Schimmelpilzen und Bildung von Pilzgiften hat. In den Pilzgruppen Fusarius, Aspergillus und Penicillilium konnten entsprechende Lichtrezeptoren nachgewiesen werden. Licht im blauen, weißen und roten Wellenlängenbereich wirkt hierbei unterschiedlich hemmend auf das Wachstum der Pilze. Der Vorteil dieses Ansatzes ist, dass Licht im sichtbaren Wellenlängenbereich keine Vitamine oder Proteine im Lebensmittel zerstört, wie das bei Beleuchtung mit UV-Licht der Fall ist.
Ein weiteres Projekt des Max Rubner-Instituts hat zum Ziel den Nahrungs-kettentransfer von Aflatoxinen vom Futter (Aflatoxin B1) in die Milch (Aflatoxin M1) abzuschätzen – unter besonderer Berücksichtigung des hofeigenen Futters. Dazu werden monatlich 350 zufällige Tanksammelwagenproben der Meiereien in Schleswig-Holstein auf Aflatoxin M1 untersucht. Von den in 2012 etwa 4250 untersuchten Proben wurde in keinem Fall der gesetzliche Höchstwert von 50 Nanogramm pro Kilogramm überschritten. Auch in den hofeigenen Futtermitteln (z.B. Silagen) wurden bislang keine Grenzwertüberschreitungen festgestellt.