Frau Prof. Hanke war maßgeblich mit nationalen und internationalen Partnern daran beteiligt, innovative Methoden in der Obstzüchtung zu entwickeln und diese zu etablieren. Ziel war es, züchterische Eigenschaften gezielt zu verbessern und so den Zuchtprozess zu beschleunigen (Anm.: bei Obstgehölzen dauert es 20 – 25 Jahre, bis einer neue Sorte in die Praxis gelangt). Frau Hanke forschte unter anderem daran, Resistenzgene aus verschiedenen Wildapfelarten zu identifizieren und diese für die Züchtung bereitzustellen. Diese Gene sollen bewirken, dass neue Sorten nicht nur gut schmecken, sondern auch widerstandsfähig gegen Schorf oder/und Feuerbrand sind. Solche Sorten könnten mit deutlich reduziertem Pflanzenschutzaufwand angebaut werde – ein eleganter Schritt zu einem nachhaltigeren Anbau. Dabei war sie immer wieder erfolgreich in der Einwerbung von Fördergeldern (sog. Drittmitteln) der Deutschen Forschungsgemeinschaft DFG, der Europäischen Union oder des Bundesforschungsministeriums BMBF. Mit diesen Drittmittelprojekten verhalf sie Nachwuchswissenschaftlern zum Einstieg in deren Forscherkarriere.
In Ihrer Zeit als Institutsleiterin musste sich Frau Hanke auch abseits der reinen Forschung großen Herausforderungen stellen. Die Hochwasser in den Jahren 2002 und 2013 richteten in den Versuchsflächen große Schäden an. Die Feuerbrandepidemie im Jahr 2003 führte innerhalb von wenigen Tagen zum Verlust von über 2000 Bäumen – etliche Sorten der wertvollen Apfelsammlung gingen verloren und die Birnensammlung fiel fast vollständig dem Bakterium zum Opfer.
2002 übernahm das Institut vom IPK Gatersleben die Genbank Obst. Um die Aktivitäten des Instituts auf diesem Gebiet einer breiten Öffentlichkeit zugänglich zu machen, wurde auf Anregung von Frau Hanke im Jahr 2005 der erste Pillnitzer Apfeltag durchgeführt. Diese Veranstaltung am ersten Oktoberwochenende ist inzwischen ein fester Termin im Kalender von Obstliebhabern. 2018 findet der 14. Pillnitzer Apfeltag am 6. Oktober statt.
Die Einrichtung des dezentralen Sammlungsnetzes „Deutsche Genbank Obst“, kurz DGO, war ein wichtiger Schritt, um alte regionale Sorten und mit ihnen wichtige obstgenetische Ressourcen in Deutschland langfristig zu erhalten und für die Züchtung nutzbar zu machen. Die wissenschaftliche Koordination obliegt dem JKI-Fachinstitut in Dresden, das seine eigenen umfangreichen Sammlungen in das Netz einspeist. 2009 gab die damalige Bundeslandwirtschaftsministerin Ilse Aigner auf der Grünen Woche den offiziellen Startschuss für die DGO. Bis heute sind Netze für sechs Obstarten mit 20 Partnern entstanden.
Unter Ihrer Leitung gingen aus der Züchtung des Instituts 18 Apfelsorten, 5 Süßkirsch- und 6 Sauerkirschsorten sowie 2 Erdbeersorten und eine Kirschunterlage hervor. Alle stehen unter Sortenschutz und sind sowohl innerhalb der Europäischen Gemeinschaft, wie auch in verschiedenen anderen Ländern der Erde geschützt.
Frau Hanke hinterlässt ein auch durch ihre Arbeit weltweit bekanntes gut aufgestelltes Institut, das sich dem Erhalt alter Sorten und der Züchtung neuer widerstandsfähiger Sorten mit modernsten Methoden widmet. Die Suche nach einer Nachfolgerin bzw. einem Nachfolger hat bereits begonnen.