Das DNKW versteht sich vor allem als Plattform der gemeinsamen Interessenvertretung aller Kompetenzzentren mit dem vorrangigen Ziel des Erfahrungsaustauschs, der gemeinsamen inhaltlichen und organisatorischen Weiterentwicklung, der wissenschaftlichen Evaluation sowie der Öffentlichkeitsarbeit.
In der konstituierenden Sitzung wurden eine Geschäftsordnung vereinbart und ein Sprechgremium gewählt: Vorsitzender ist Dr. Ralf Jendyk aus Münster. Zu seinen Stellvertretern wählte das Plenum Dr. Markus Wenning (Ärztekammer Westfalen-Lippe) und Dr. Martina Bischoff (Freiburg). Beisitzer sind Susanne Heim (Göttingen), Dr. Ulrike Sonntag (Berlin) und Mandy Gottschall (Dresden). Stimmberechtigt ist zudem ein Vertreter der DEGAM-Sektion Weiterbildung.
Die Deutsche Stiftung für Allgemeinmedizin und Familienmedizin (DESAM) wurde 1973 gegründet. Die gemeinnützige Stiftung widmet sich insbesondere der Förderung des hausärztlichen Nachwuchses und der bundesweiten Koordination von Forschung und Weiterbildung in der Allgemeinmedizin. Hierzu zählen zum Beispiel die Kompetenzzentren Weiterbildung sowie regionale Forschungspraxennetze. Vorsitzender des Vorstandes ist Prof. Ferdinand M. Gerlach, Vorsitzender des Stiftungsrates ist Prof. Wilhelm Niebling.